Res. Assist.
Semih ALPSOY
Faculty of Science
Molecular Biotechnology
SHORT CV
I am a researcher in computational biology and bioinformatics with a focus on cancer biology. My work explores drug resistance mechanisms and treatment response prediction using multi-omics integration, machine learning, and pathway analysis. I am broadly interested in systems biology and aim to contribute to personalized medicine through data-driven approaches.
Education
ACIBADEM MEHMET ALİ AYDINLAR ÜNİVERSİTESİ
SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, BİYOİSTATİSTİK VE BİYOİNFORMATİK (DR) (İNGİLİZCE)
ACIBADEM MEHMET ALİ AYDINLAR ÜNİVERSİTESİ
SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, MEDİKAL BİYOTEKNOLOJİ (DR)
ORTA DOĞU TEKNİK ÜNİVERSİTESİ
ENFORMATİK ENSTİTÜSÜ, SAĞLIK BİLİŞİMİ ANABİLİM DALI (DİSİPLİNLERARASI)
ORTA DOĞU TEKNİK ÜNİVERSİTESİ
FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ, BİYOLOJİK BİLİMLER BÖLÜMÜ
Academic Titles
TÜRK-ALMAN ÜNİVERSİTESİ, TÜRKİYE
FEN FAKÜLTESİ, MOLEKÜLER BİYOTEKNOLOJİ BÖLÜMÜ
ACADEMIC STUDIES
-
International
(2025) Transfer learning with multiomics integration and deep neural networks reveals drug resistance mechanisms in cancer
Authors: ALPSOY SEMİH, SEZERMAN OSMAN UĞUR, Index Type: SCI-Expanded kapsamındaki dergilerde yayımlanmış tam makale, Type: people.with_referee, Journal Name: Scientific Reports, Number of Authors: 2, Month: November, Language: Englisch, Volume: 15, Issue: 1, Page: 42295-, Doi: 10.1038/s41598-025-23435-8, ISSN: 2045-2322, Access Type: Elektronisch, Article Link: https://www.nature.com/articles/s41598-025-23435-8 , Subject Matter Knowledge: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Biyoloji>Biyoenformatik>Genetik, Article Type: Originalartikel,
(2025) Three new Microbacterium species isolated from the Marmara Sea mucilage event: Microbacterium istanbulense sp. nov., Microbacterium bandirmense sp. nov., Microbacterium marmarense sp. nov
Authors: SATICIOĞLU İZZET BURÇİN, AJMI NIHED, COŞKUNER WEBER ORKİDE, ALPSOY SEMİH, AY HİLAL, AYDIN FUAT, ABAY SEÇİL, KARAKAYA EMRE, KAYMAN TUBA, DALYAN CEM, KOCA FATİH DOĞAN, Index Type: SCI-Expanded kapsamındaki dergilerde yayımlanmış tam makale, Type: people.with_referee, Journal Name: Systematic and Applied Microbiology, Number of Authors: 11, Month: Mai, Language: Englisch, Volume: 48, Issue: 3, Doi: 10.1016/j.syapm.2025.126600, ISSN: 0723-2020, Access Type: Printversion+Elektronisch, Article Link: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0723202025000220 , Subject Matter Knowledge: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Biyoloji>Mikrobiyoloji>Biyoenformatik>Genetik, Article Type: Originalartikel,
(2025) Metagenomics studies in aquaculture systems: Big data analysis, bioinformatics, machine learning and quantum computing
Authors: COŞKUNER WEBER ORKİDE, ALPSOY SEMİH, Index Type: SCI-Expanded kapsamındaki dergilerde yayımlanmış tam makale, Type: people.with_referee, Journal Name: Computational Biology and Chemistry, Number of Authors: 2, Month: April, Language: Englisch, Volume: 118, Doi: 10.1016/j.compbiolchem.2025.108444, ISSN: 1476-9271, Access Type: Printversion+Elektronisch, Article Link: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1476927125001045 , Subject Matter Knowledge: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Moleküler Biyoloji ve Genetik>Mikrobiyoloji>Biyoenformatik>Genetik, Article Type: Rezension,
(2024) Key genes and pathways in the molecular landscape of pancreatic ductal adenocarcinoma: A bioinformatics and machine learning study
Authors: ALPSOY SEMİH, COŞKUNER WEBER ORKİDE, Index Type: SCI-Expanded kapsamındaki dergilerde yayımlanmış tam makale, Type: people.with_referee, Journal Name: Computational Biology and Chemistry, Number of Authors: 2, Month: Dezember, Language: Türkisch, Volume: 113, Doi: 10.1016/j.compbiolchem.2024.108268, ISSN: 1476-9271, Access Type: Printversion+Elektronisch, Article Link: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1476927124002561 , Subject Matter Knowledge: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Moleküler Biyoloji ve Genetik>Biyoenformatik>Genetik, Article Type: Originalartikel,
(2019) 3In-silico Prediction of Synergistic Anti-Cancer Drug Combinations Using Multi-omics Data
Authors: ÇELEBİ REMZİ, Walk Oliver Bear Don’xxt, Movva Rajiv, ALPSOY SEMİH, Dumontier Michel, Index Type: SCI, Type: people.with_referee, Journal Name: SCIENTIFIC REPORTS, Number of Authors: 5, Month: Juni, Language: Englisch, Volume: 9, Issue: null, Special Issue: Not Exists, Doi: 10.1038/s41598-019-45236-6, ISSN: 2045-2322, Access Type: Printversion, Subject Matter Knowledge: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->İstatistik, Article Type: Originalartikel,
(2016) Expression Profiles of the Individual Genes Corresponding to the Genes Generated by Cytotoxicity Experiments with Bortezomib in Multiple Myeloma
Authors: Ghasemi Mehdi, ALPSOY SEMİH, Türk Seyhan, Malkan Ümit, Atakan Şükrü, HAZNEDAROĞLU İBRAHİM CELALETTİN, GÜNEŞ GÜRSEL, Gündüz Mehmet, Yılmaz Burak, ETGÜL SEZGİN, AYDIN MÜRÜVVET SEDA, Aslan Tuncay, SAYINALP NİLGÜN, AKSU SALİH, DEMİROĞLU HALUK, ÖZCEBE OSMAN İLHAMİ, GÖKER HAKAN, Index Type: TR DİZİN, Type: people.with_referee, Journal Name: Turkish Journal of Hematology, Number of Authors: 17, Month: Februar, Language: Englisch, Volume: 33, Issue: 4, Special Issue: Not Exists, Page: 286-292, Doi: 10.4274, ISSN: 1300-7777, Access Type: Printversion+Elektronisch, Article Link: http://www.tjh.com.tr/jvi.aspx?pdir=tjhplng=engun=TJH-98105 , Subject Matter Knowledge: Sağlık Bilimleri Temel Alanı->İç Hastalıkları, Article Type: Originalartikel,
-
National
In-silico Prediction and In-vitro Validation of Chemosensitivity to Bortezomib in Multiple Myeloma Cell Lines.
Authors: Ghasemi Mehdi, TÜRK SEYHAN, ALPSOY SEMİH, CAN Sultan Nilay, HAZNEDAROĞLU İBRAHİM CELALETTİN, GÜRE ALİ OSMAY, Type: Zusammenfassender Bericht, Event Name: IV. Uluslararası Türkiye Moleküler Biyoloji Derneği Kongresi, Event Start Date: 27/11/2015, Number of Authors: 6, Language: Englisch, Publication State: Published, Published Date: 30/11/2015, Special Issue: Not Exists, Access Type: Printversion, Country: TURKEY, City: Ankara, Subject Matter Knowledge: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Moleküler Biyoloji ve Genetik>Moleküler Biyoloji>Genetik>Bakteriyoloji>Biyoinformatik,
Predicting the Progression of Subclinical MGUS to Clinically Active MM in Multiple Myeloma
Type: Volltextpapier, Event Name: IV. Uluslararası Türkiye Moleküler Biyoloji Derneği Kongresi, Event Start Date: 27/11/2015, Event End Date: 29/11/2015, Number of Authors: 5, Language: Englisch, Publication State: Published, Published Date: 29/11/2015, Special Issue: Not Exists, Access Type: Printversion, Country: TURKEY, City: Ankara, Subject Matter Knowledge: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Moleküler Biyoloji ve Genetik>Moleküler Biyoloji>Genetik>Biyoteknoloji>Biyoinformatik,
Prediction of Transition from Subclinical MGUS to Clinically Active MM in Multiple Myeloma
Type: Zusammenfassender Bericht, Event Name: IV. Uluslararası Türkiye Moleküler Biyoloji Derneği Kongresi, Event Start Date: 27/11/2015, Event End Date: 29/11/2015, Number of Authors: 5, Language: Englisch, Publication State: Published, Published Date: 29/11/2015, Special Issue: Not Exists, Access Type: Printversion, Country: TURKEY, City: Ankara, Subject Matter Knowledge: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Moleküler Biyoloji ve Genetik>Moleküler Biyoloji>Genetik>Biyoteknoloji>Biyoinformatik,
Drug Selection for Malignant Melanoma Using Biomarkers Generated by Weighted Gene Co-Expression Network Analysis (WGCNA).
Authors: ALPSOY SEMİH, ACAR AYBAR CAN, GÜRE ALİ OSMAY, Type: Zusammenfassender Bericht, Event Name: 9. Uluslararası Sağlık Bilişimi ve Biyoinformatik Sempozyumu, Event Start Date: 16/10/2015, Number of Authors: 3, Language: Englisch, Publication State: Published, Published Date: 17/10/2015, Special Issue: Not Exists, Access Type: Elektronisch, Article Link: http://hibit2015.mu.edu.tr/ , Country: TURKEY, City: Muğla, Subject Matter Knowledge: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>İstatistik>Biyo-enformatik>Veri Madenciliği>Yapay Zeka>Moleküler Biyoloji,
-
(2016) AstraZeneca - Sanger İlaç Kombinasyon Tahmini DREAM Yarışması Finalisti
Activity Detail: Diğer, Description: İlaç kombinasyonlarının etkinliğini belirlemek için yapay zeka yöntemleriyle istatistiksel modeller geliştirerek finalistliğin elde edilmesi, Establishment: AstraZeneca, Country: BRITAIN,
(2016) Yeni Fikirler Yeni İşler Yarışması Finalisti
Activity Detail: Diğer, Description: ODTÜ Teknokent' in her sene en iyi girişimleri seçtiği yarışmada finalistlik, Establishment: ORTA DOĞU TEKNİK ÜNİVERSİTESİ, Institution: ORTA DOĞU TEKNİK ÜNİVERSİTESİ, Country: TURKEY,
(2015) Teknogirişim Destek Programı
Activity Detail: Diğer, Description: 100.000 TL destekli ödül girişimci gençlere şirket kurmaları için verilidi, Establishment: BİLİM SANAYİ VE TEKNOLOJİ BAKANLIĞI, Institution: BİLİM SANAYİ VE TEKNOLOJİ BAKANLIĞI, Country: TURKEY,
(2011) Uluslararası Genetiği Değiştirilmiş Makine (iGEM) Yarışması En İyi Yazılımı Kullanan 2. Grup
Activity Detail: Diğer, Description: Uluslararası Genetiği Değiştirilmiş Makine (iGEM) Yarışması' nda 'Mining for BioBricks' projesiyle Avrupa elemelerinde gümüş madalya ve tüm yarışmacılar arasında yazılımı en iyi kullanan 2. grup , Establishment: Massachusetts Institute of Technology, Country: UNITED STATES OF AMERICA,
Work Experience
Şirket ortağı
GenPrint Tedavi Öngörü Tanı ve Laboratuvar Hizmetleri Ltd. Şti.
Şirket sahibi ve yöneticisi
Odak Tedavi Öngörü Tanı ve Laboratuvar Hizmetleri Ltd. Şti.
Contact
Contact details
E-Mail: alpsoy@tau.edu.tr
Alternative E-Mail: alpsoysemih@gmail.com
Office Address: : Fen Fakültesi, Moleküler Biyoteknoloji Bölümü, 2. Kat
Office Phone Number: : +902163333344
Internal: : 3344
Office Room Number: : 238