APBS

Arş. Gör.
Semih ALPSOY

Fen Fakültesi

Moleküler Biyoteknoloji

Kısa Özgeçmiş

Kanser biyolojisine odaklanan hesaplamalı biyoloji ve biyoinformatik alanında çalışan bir araştırmacıyım. Çalışmalarım, çoklu omik verilerin entegrasyonu, makine öğrenmesi ve yolak analizi kullanarak ilaç direnci mekanizmalarını ve tedavi yanıtı tahminini incelemektedir. Sistem biyolojisine genel olarak ilgi duyuyor ve veri odaklı yaklaşımlar ile kişiselleştirilmiş tıbba katkı sağlamayı hedefliyorum.

Eğitim

2019 -
Doktora

ACIBADEM MEHMET ALİ AYDINLAR ÜNİVERSİTESİ

SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, BİYOİSTATİSTİK VE BİYOİNFORMATİK (DR) (İNGİLİZCE)
2017 - 2019
Doktora

ACIBADEM MEHMET ALİ AYDINLAR ÜNİVERSİTESİ

SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, MEDİKAL BİYOTEKNOLOJİ (DR)
2013 - 2017
Yüksek Lisans

ORTA DOĞU TEKNİK ÜNİVERSİTESİ

ENFORMATİK ENSTİTÜSÜ, SAĞLIK BİLİŞİMİ ANABİLİM DALI (DİSİPLİNLERARASI)
2009 - 2013
Lisans

ORTA DOĞU TEKNİK ÜNİVERSİTESİ

FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ, BİYOLOJİK BİLİMLER BÖLÜMÜ

Akademik Ünvanlar

2017
Araştırma Görevlisi

TÜRK-ALMAN ÜNİVERSİTESİ, TÜRKİYE

FEN FAKÜLTESİ, MOLEKÜLER BİYOTEKNOLOJİ BÖLÜMÜ

AKADEMİK ÇALIŞMALAR

  • Uluslararası

    (2025) Transfer learning with multiomics integration and deep neural networks reveals drug resistance mechanisms in cancer

    Yazarlar: ALPSOY SEMİH, SEZERMAN OSMAN UĞUR, Endeks Türü: SCI-Expanded kapsamındaki dergilerde yayımlanmış tam makale, Tür: people.with_referee, Dergi Adı: Scientific Reports, Yazar Sayısı: 2, Ay: Kasım, Dil: İngilizce, Cilt: 15, Sayı: 1, Sayfa: 42295-, Doi: 10.1038/s41598-025-23435-8, ISSN: 2045-2322, Erişim Türü: Elektronik, Makale Linki: https://www.nature.com/articles/s41598-025-23435-8 , Alan Bilgisi: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Biyoloji>Biyoenformatik>Genetik, Makale Türü: Özgün Makale,

    (2025) Three new Microbacterium species isolated from the Marmara Sea mucilage event: Microbacterium istanbulense sp. nov., Microbacterium bandirmense sp. nov., Microbacterium marmarense sp. nov

    Yazarlar: SATICIOĞLU İZZET BURÇİN, AJMI NIHED, COŞKUNER WEBER ORKİDE, ALPSOY SEMİH, AY HİLAL, AYDIN FUAT, ABAY SEÇİL, KARAKAYA EMRE, KAYMAN TUBA, DALYAN CEM, KOCA FATİH DOĞAN, Endeks Türü: SCI-Expanded kapsamındaki dergilerde yayımlanmış tam makale, Tür: people.with_referee, Dergi Adı: Systematic and Applied Microbiology, Yazar Sayısı: 11, Ay: Mayıs, Dil: İngilizce, Cilt: 48, Sayı: 3, Doi: 10.1016/j.syapm.2025.126600, ISSN: 0723-2020, Erişim Türü: Basılı+Elektronik, Makale Linki: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0723202025000220 , Alan Bilgisi: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Biyoloji>Mikrobiyoloji>Biyoenformatik>Genetik, Makale Türü: Özgün Makale,

    (2025) Metagenomics studies in aquaculture systems: Big data analysis, bioinformatics, machine learning and quantum computing

    Yazarlar: COŞKUNER WEBER ORKİDE, ALPSOY SEMİH, Endeks Türü: SCI-Expanded kapsamındaki dergilerde yayımlanmış tam makale, Tür: people.with_referee, Dergi Adı: Computational Biology and Chemistry, Yazar Sayısı: 2, Ay: Nisan, Dil: İngilizce, Cilt: 118, Doi: 10.1016/j.compbiolchem.2025.108444, ISSN: 1476-9271, Erişim Türü: Basılı+Elektronik, Makale Linki: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1476927125001045 , Alan Bilgisi: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Moleküler Biyoloji ve Genetik>Mikrobiyoloji>Biyoenformatik>Genetik, Makale Türü: Derleme Makale,

    (2024) Key genes and pathways in the molecular landscape of pancreatic ductal adenocarcinoma: A bioinformatics and machine learning study

    Yazarlar: ALPSOY SEMİH, COŞKUNER WEBER ORKİDE, Endeks Türü: SCI-Expanded kapsamındaki dergilerde yayımlanmış tam makale, Tür: people.with_referee, Dergi Adı: Computational Biology and Chemistry, Yazar Sayısı: 2, Ay: Aralık, Dil: Türkçe, Cilt: 113, Doi: 10.1016/j.compbiolchem.2024.108268, ISSN: 1476-9271, Erişim Türü: Basılı+Elektronik, Makale Linki: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1476927124002561 , Alan Bilgisi: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Moleküler Biyoloji ve Genetik>Biyoenformatik>Genetik, Makale Türü: Özgün Makale,

    (2019) 3In-silico Prediction of Synergistic Anti-Cancer Drug Combinations Using Multi-omics Data

    Yazarlar: ÇELEBİ REMZİ, Walk Oliver Bear Don’xxt, Movva Rajiv, ALPSOY SEMİH, Dumontier Michel, Endeks Türü: SCI, Tür: people.with_referee, Dergi Adı: SCIENTIFIC REPORTS, Yazar Sayısı: 5, Ay: Haziran, Dil: İngilizce, Cilt: 9, Sayı: null, Özel Sayı: Yok, Doi: 10.1038/s41598-019-45236-6, ISSN: 2045-2322, Erişim Türü: Basılı, Alan Bilgisi: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı->İstatistik, Makale Türü: Özgün Makale,

    (2016) Expression Profiles of the Individual Genes Corresponding to the Genes Generated by Cytotoxicity Experiments with Bortezomib in Multiple Myeloma

    Yazarlar: Ghasemi Mehdi, ALPSOY SEMİH, Türk Seyhan, Malkan Ümit, Atakan Şükrü, HAZNEDAROĞLU İBRAHİM CELALETTİN, GÜNEŞ GÜRSEL, Gündüz Mehmet, Yılmaz Burak, ETGÜL SEZGİN, AYDIN MÜRÜVVET SEDA, Aslan Tuncay, SAYINALP NİLGÜN, AKSU SALİH, DEMİROĞLU HALUK, ÖZCEBE OSMAN İLHAMİ, GÖKER HAKAN, Endeks Türü: TR DİZİN, Tür: people.with_referee, Dergi Adı: Turkish Journal of Hematology, Yazar Sayısı: 17, Ay: Şubat, Dil: İngilizce, Cilt: 33, Sayı: 4, Özel Sayı: Yok, Sayfa: 286-292, Doi: 10.4274, ISSN: 1300-7777, Erişim Türü: Basılı+Elektronik, Makale Linki: http://www.tjh.com.tr/jvi.aspx?pdir=tjhplng=engun=TJH-98105 , Alan Bilgisi: Sağlık Bilimleri Temel Alanı->İç Hastalıkları, Makale Türü: Özgün Makale,

  • Ulusal

    In-silico Prediction and In-vitro Validation of Chemosensitivity to Bortezomib in Multiple Myeloma Cell Lines.

    Yazarlar: Ghasemi Mehdi, TÜRK SEYHAN, ALPSOY SEMİH, CAN Sultan Nilay, HAZNEDAROĞLU İBRAHİM CELALETTİN, GÜRE ALİ OSMAY, Tür: Özet Bildiri, Etkinlik Adı: IV. Uluslararası Türkiye Moleküler Biyoloji Derneği Kongresi, Etkinlik Başlangıç Tarihi: 27/11/2015, Yazar Sayısı: 6, Dil: İngilizce, Yayın Durumu: Yayımlanmış, Basım Tarihi: 30/11/2015, Özel Sayı: Yok, Erişim Türü: Basılı, Ülke: TÜRKİYE, Şehir: Ankara, Alan Bilgisi: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Moleküler Biyoloji ve Genetik>Moleküler Biyoloji>Genetik>Bakteriyoloji>Biyoinformatik,

    Predicting the Progression of Subclinical MGUS to Clinically Active MM in Multiple Myeloma

    Tür: Tam Metin Bildiri, Etkinlik Adı: IV. Uluslararası Türkiye Moleküler Biyoloji Derneği Kongresi, Etkinlik Başlangıç Tarihi: 27/11/2015, Etkinlik Bitiş Tarihi: 29/11/2015, Yazar Sayısı: 5, Dil: İngilizce, Yayın Durumu: Yayımlanmış, Basım Tarihi: 29/11/2015, Özel Sayı: Yok, Erişim Türü: Basılı, Ülke: TÜRKİYE, Şehir: Ankara, Alan Bilgisi: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Moleküler Biyoloji ve Genetik>Moleküler Biyoloji>Genetik>Biyoteknoloji>Biyoinformatik,

    Prediction of Transition from Subclinical MGUS to Clinically Active MM in Multiple Myeloma

    Tür: Özet Bildiri, Etkinlik Adı: IV. Uluslararası Türkiye Moleküler Biyoloji Derneği Kongresi, Etkinlik Başlangıç Tarihi: 27/11/2015, Etkinlik Bitiş Tarihi: 29/11/2015, Yazar Sayısı: 5, Dil: İngilizce, Yayın Durumu: Yayımlanmış, Basım Tarihi: 29/11/2015, Özel Sayı: Yok, Erişim Türü: Basılı, Ülke: TÜRKİYE, Şehir: Ankara, Alan Bilgisi: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>Moleküler Biyoloji ve Genetik>Moleküler Biyoloji>Genetik>Biyoteknoloji>Biyoinformatik,

    Drug Selection for Malignant Melanoma Using Biomarkers Generated by Weighted Gene Co-Expression Network Analysis (WGCNA).

    Yazarlar: ALPSOY SEMİH, ACAR AYBAR CAN, GÜRE ALİ OSMAY, Tür: Özet Bildiri, Etkinlik Adı: 9. Uluslararası Sağlık Bilişimi ve Biyoinformatik Sempozyumu, Etkinlik Başlangıç Tarihi: 16/10/2015, Yazar Sayısı: 3, Dil: İngilizce, Yayın Durumu: Yayımlanmış, Basım Tarihi: 17/10/2015, Özel Sayı: Yok, Erişim Türü: Elektronik, Makale Linki: http://hibit2015.mu.edu.tr/ , Ülke: TÜRKİYE, Şehir: Muğla, Alan Bilgisi: Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı>İstatistik>Biyo-enformatik>Veri Madenciliği>Yapay Zeka>Moleküler Biyoloji,

  • (2016) AstraZeneca - Sanger İlaç Kombinasyon Tahmini DREAM Yarışması Finalisti

    Faaliyet Detayı: Diğer, Açıklama: İlaç kombinasyonlarının etkinliğini belirlemek için yapay zeka yöntemleriyle istatistiksel modeller geliştirerek finalistliğin elde edilmesi, Kuruluş: AstraZeneca, Ülke: İNGİLTERE,

    (2016) Yeni Fikirler Yeni İşler Yarışması Finalisti

    Faaliyet Detayı: Diğer, Açıklama: ODTÜ Teknokent' in her sene en iyi girişimleri seçtiği yarışmada finalistlik, Kuruluş: ORTA DOĞU TEKNİK ÜNİVERSİTESİ, Kurum: ORTA DOĞU TEKNİK ÜNİVERSİTESİ, Ülke: TÜRKİYE,

    (2015) Teknogirişim Destek Programı

    Faaliyet Detayı: Diğer, Açıklama: 100.000 TL destekli ödül girişimci gençlere şirket kurmaları için verilidi, Kuruluş: BİLİM SANAYİ VE TEKNOLOJİ BAKANLIĞI, Kurum: BİLİM SANAYİ VE TEKNOLOJİ BAKANLIĞI, Ülke: TÜRKİYE,

    (2011) Uluslararası Genetiği Değiştirilmiş Makine (iGEM) Yarışması En İyi Yazılımı Kullanan 2. Grup

    Faaliyet Detayı: Diğer, Açıklama: Uluslararası Genetiği Değiştirilmiş Makine (iGEM) Yarışması' nda 'Mining for BioBricks' projesiyle Avrupa elemelerinde gümüş madalya ve tüm yarışmacılar arasında yazılımı en iyi kullanan 2. grup , Kuruluş: Massachusetts Institute of Technology, Ülke: AMERİKA BİRLEŞİK DEVLETLERİ,

İş Deneyimi

2015 2017

Şirket ortağı

GenPrint Tedavi Öngörü Tanı ve Laboratuvar Hizmetleri Ltd. Şti.
2015 2017

Şirket sahibi ve yöneticisi

Odak Tedavi Öngörü Tanı ve Laboratuvar Hizmetleri Ltd. Şti.

Uzmanlık Alanları

  1. Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı - Biyoloji (Biyo-enformatik, Biyoteknoloji, Moleküler Biyoloji)

İletişim

İletişim Bilgileri

E-Posta: alpsoy@tau.edu.tr

Alternatif E-Posta: alpsoysemih@gmail.com


Ofis Adresi: : Fen Fakültesi, Moleküler Biyoteknoloji Bölümü, 2. Kat

Ofis Telefon Numarası: : +902163333344

Dahili: : 3344

Ofis Oda Numarası: : 238